La « Loi sur la Liberté de Conscience » promulguée en Hongrie en 1990 régit les activités et les avantages dont bénéficient les communautés religieuses et fixe les critères nécessaires à l’obtention du statut d’association religieuse. L’Église de Scientologie de Hongrie a été officiellement enregistrée comme organisation religieuse en 1991, conformément à la Loi sur la Liberté de Conscience.

Suite à cette reconnaissance religieuse, chaque nouvelle Église de Scientologie ouverte en Hongrie est reconnue comme organisation religieuse indépendante, sous l’égide de l’Église Mère de Hongrie.